농지전용허가는 농지를 대지·창고부지 등 농업 외 목적으로 바꿀 때 시장·군수 또는 농림축산식품부장관에게 받아야 하는 허가로, 면적이 작을수록 처리기간이 짧고 농업진흥지역 안이면 부담금이 더 높게 책정됩니다. 농업진흥지역 내 3,000㎡ 미만은 시장·군수·구청장이 처리기간 약 10일 안에 처리하지만, 농업진흥지역 밖이라도 20만㎡ 이상이면 처리기간이 30일까지 늘어납니다. 아래에서 허가권자 구분 기준, 농지보전부담금 계산법, 신고만으로 가능한 경우, 신청 절차까지 순서대로 확인할 수 있습니다.

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농지 실제 이미지

농지전용허가는 면적과 농업진흥지역 여부에 따라 허가권자와 부담금이 달라집니다.

먼저 결론

허가권자는 농업진흥지역 여부와 면적에 따라 시장·군수, 시·도지사, 농림축산식품부장관으로 나뉩니다.
농지보전부담금은 개별공시지가의 20~30%로 계산하되, ㎡당 5만 원이 상한입니다.
농업인 주택, 농축산업용 시설 등 일부는 허가 대신 신고만으로 가능합니다.
처리기간은 면적 규모에 따라 10일~30일로 달라집니다.
부담금은 허가가 나기 전에 한국농어촌공사 농지관리기금으로 미리 납부해야 합니다.

농지전용허가란

농지전용허가는 농지를 주택, 창고, 공장 등 농업 외의 목적으로 사용하기 위해 지목이나 형질을 바꾸는 행위를 허가받는 절차입니다. 「농지법」에 따라 농지를 전용하려면 원칙적으로 허가를 받아야 하며, 허가 없이 전용하면 원상회복 명령과 벌칙 대상이 될 수 있습니다.

허가가 완료되면 농지보전부담금을 납부하고, 이후 실제 공사가 끝나면 지목변경등기까지 마쳐야 전용 절차가 최종적으로 완료됩니다. 지목변경 자체의 신청 절차는 별도 글에서 다루고 있으므로, 이 글에서는 농지를 대지 등으로 바꾸는 전 단계인 허가와 부담금에 집중합니다.

허가권자와 처리기간 비교

허가권자는 대상 농지가 농업진흥지역 안인지 밖인지, 그리고 전용하려는 면적이 얼마인지에 따라 달라집니다.

구분	농업진흥지역 내	농업진흥지역 외	처리기간
시장·군수·구청장	3,000㎡ 미만	30,000㎡ 미만	약 10일
시·도지사	3,000㎡ 이상 3만㎡ 미만	3만㎡ 이상 20만㎡ 미만	약 20일
농림축산식품부장관	3만㎡ 이상	20만㎡(30만㎡) 이상	약 30일

같은 면적이라도 농업진흥지역 안이라면 훨씬 낮은 문턱에서 상급 기관 허가가 필요해집니다. 신청 전 토지이용계획확인원에서 농업진흥지역 해당 여부를 반드시 먼저 확인해야 합니다.

농지보전부담금 계산 방법

농지보전부담금은 전용하려는 농지의 개별공시지가를 기준으로 산정합니다. 농업진흥지역 안의 농지는 개별공시지가의 30%, 농업진흥지역 밖의 농지는 20%를 적용하며, 이렇게 계산한 ㎡당 금액이 5만 원을 넘으면 5만 원으로 상한을 적용합니다.

예를 들어 농업진흥지역 밖의 농지 개별공시지가가 ㎡당 15만 원이라면 20%를 적용해 ㎡당 3만 원이 되고, 전용 면적이 500㎡라면 부담금은 약 1,500만 원 수준으로 계산됩니다. 다만 공시지가가 높은 지역에서는 ㎡당 5만 원 상한이 먼저 적용될 수 있으므로, 실제 부담금은 해당 필지의 개별공시지가를 확인한 뒤 관할 지자체나 한국농어촌공사를 통해 정확히 산정받아야 합니다.

부담금은 허가가 나기 전에 한국농어촌공사가 관리하는 농지관리기금에 전부 또는 일부를 미리 납부해야 하며, 분할납부를 신청할 수 있는 경우도 있으므로 신청 시 함께 확인하는 것이 좋습니다.

신청 절차 5단계

1단계: 토지이용계획확인원으로 농업진흥지역 여부를 확인합니다

정부24나 토지이음에서 토지이용계획확인원을 발급받아 농업진흥지역 해당 여부와 용도지역을 확인합니다. 이 결과에 따라 허가권자와 처리기간이 결정됩니다.

2단계: 사업계획서와 첨부서류를 준비합니다

전용허가 신청서, 사업계획서, 지형도, 소유자가 아닌 경우 권리 관계를 증명하는 서류, 피해방지계획서(필요한 경우)를 준비합니다. 행정정보 공동이용에 동의하면 토지대장이나 지적도, 임야도는 별도로 제출하지 않아도 되는 경우가 많습니다.

3단계: 관할 시·군·구청에 신청서를 접수합니다

면적 기준에 따라 시장·군수·구청장이 처리하는 경우가 대부분이며, 대규모 전용은 시·도나 농림축산식품부로 서류가 이관됩니다. 접수 시 담당 부서에서 처리 예상 기간을 안내받을 수 있습니다.

4단계: 심사 결과에 따라 허가를 받고 부담금을 납부합니다

심사를 통과하면 허가서가 발급되며, 동시에 농지보전부담금 납부 고지를 받습니다. 부담금을 납부해야 최종 허가 효력이 발생하므로 납부 기한을 놓치지 않아야 합니다.

5단계: 공사 완료 후 지목변경등기를 신청합니다

전용 목적에 맞는 공사(건축 등)를 마치면 준공검사를 받고, 그 결과를 토대로 지목변경등기를 신청해야 전용 절차가 완전히 마무리됩니다. 지목변경등기를 하지 않으면 등기부상 지목이 여전히 농지로 남아 향후 매매나 대출 시 문제가 될 수 있습니다.

신고만으로 가능한 경우

모든 농지전용이 허가 대상은 아닙니다. 농업인·어업인 주택, 농업·축산업용 생산시설(개량시설 제외), 어업용 시설, 농어업인 공동생활시설, 농수산물 유통·가공시설 등 「농지법 시행령」이 정한 일부 시설은 허가 대신 시장·군수·구청장에 대한 신고만으로 전용이 가능합니다.

예를 들어 농업용 창고의 경우 개인 농업인은 세대당 1,500㎡ 이하, 농업법인은 7,000㎡ 이하(농업진흥지역 안은 3,300㎡ 이하)까지 신고 대상에 해당할 수 있습니다. 신고 대상인지 허가 대상인지는 시설 종류와 면적에 따라 세부적으로 갈리므로, 신청 전 관할 지자체 농지 담당 부서에 시설 용도를 정확히 설명하고 확인받는 것이 안전합니다.

신고한 내용을 변경하려는 경우에도 다시 신고해야 한다는 점도 놓치기 쉬운 부분입니다.

실수 방지 체크리스트

신청 전 토지이용계획확인원으로 농업진흥지역 여부와 용도지역을 확인했는지 점검합니다.
전용 목적이 신고 대상 시설에 해당하는지, 아니면 허가 대상인지 관할 부서에 먼저 확인했는지 점검합니다.
농지보전부담금은 허가 전에 미리 납부해야 한다는 점을 예산 계획에 반영했는지 확인합니다.
개별공시지가가 높은 지역이라면 ㎡당 5만 원 상한이 적용되는지 미리 계산해봤는지 확인합니다.
사업계획서와 지형도 등 첨부서류가 실제 전용 목적과 일치하는지 확인합니다.
공사 완료 후 지목변경등기까지 마쳐야 절차가 끝난다는 점을 기억합니다.
대상 면적이 구간 경계(3,000㎡, 3만㎡ 등)에 가깝다면 허가권자가 바뀔 수 있다는 점을 확인합니다.

자주 묻는 질문 10개

1. 농지전용허가는 어디에 신청하나요?

원칙적으로 관할 시장·군수·구청장에게 신청하며, 면적이 크거나 농업진흥지역 안이면 시·도지사나 농림축산식품부장관 허가로 이관될 수 있습니다.

2. 처리기간은 얼마나 걸리나요?

면적과 농업진흥지역 여부에 따라 약 10일에서 30일까지 달라집니다. 서류 보완이 필요하면 처리기간이 늘어날 수 있습니다.

3. 농지보전부담금은 어떻게 계산하나요?

개별공시지가에 농업진흥지역 안은 30%, 밖은 20%를 곱해 ㎡당 금액을 산정하며, 이 금액이 5만 원을 넘으면 5만 원으로 상한이 적용됩니다.

4. 부담금은 언제 납부하나요?

허가가 확정되기 전에 한국농어촌공사 농지관리기금으로 전부 또는 일부를 미리 납부해야 합니다.

5. 허가 없이 전용하면 어떻게 되나요?

무단 전용은 원상회복 명령 대상이 되며, 이행하지 않으면 이행강제금이나 벌칙이 적용될 수 있습니다.

6. 농업인 주택도 허가를 받아야 하나요?

농업인·어업인 주택 등 일부 시설은 허가가 아닌 신고 대상에 해당할 수 있습니다. 다만 면적과 요건이 세부적으로 정해져 있으므로 관할 부서 확인이 필요합니다.

7. 신고와 허가는 어떻게 다른가요?

허가는 심사를 거쳐 승인 여부가 결정되는 절차이고, 신고는 정해진 요건을 충족하면 접수만으로 효력이 발생하는 절차입니다. 신고 대상 시설의 범위는 법령에 구체적으로 정해져 있습니다.

8. 부담금 분할납부가 가능한가요?

부담금 분할납부를 신청할 수 있는 경우가 있으므로, 신청 시 관할 지자체나 한국농어촌공사에 분할납부 가능 여부를 함께 확인하는 것이 좋습니다.

9. 전용 후 지목변경은 자동으로 되나요?

자동으로 되지 않습니다. 공사 완료 후 준공검사를 받고 별도로 지목변경등기를 신청해야 등기부상 지목이 변경됩니다.

10. 산지전용허가와 농지전용허가는 같은 절차인가요?

대상 토지가 다릅니다. 산지전용허가는 임야(산지)를 대상으로 하고, 농지전용허가는 전·답·과수원 등 농지를 대상으로 하며 근거 법령과 부담금 산정 기준도 서로 다릅니다.

지목변경 절차와 취득세 계산 함께 확인하기 →

농지전용허가 이후 마지막 단계인 지목변경등기와 연결되는 내용입니다.

공식 출처와 확인일

찾기쉬운 생활법령정보 — 농지전용허가 절차 — 허가권자 구분 기준과 처리기간 확인
찾기쉬운 생활법령정보 — 농지보전부담금 부과 — 부담금 계산 공식과 상한액 확인
찾기쉬운 생활법령정보 — 농지전용신고 대상 및 절차 — 신고 대상 시설과 면적 기준 확인
정부24 — 농지전용 허가(변경허가) 민원 안내 — 구비서류와 처리기간 확인

자료 확인일: 2026년 09월 22일

작성자: 송석

본 글은 독자의 정보 확인과 선택을 돕기 위한 일반 정보이며 개별 필지에 대한 법률 자문을 대신하지 않습니다. 허가권자 기준, 부담금 산정 방식, 신고 대상 범위는 지역과 법령 개정에 따라 달라질 수 있으므로 실제 신청 전에는 관할 시·군·구청 농지 담당 부서나 전문가를 통해 최신 기준을 다시 확인하시기 바랍니다.

농지전용허가 절차와 부담금 계산 총정리